++ L-POP Version 1.2 -- Shaun Purcell & Pak Sham -- Nov. 2001 ++ O:cl1: Parameter details O:cl1: title = Workshop population stratification example O:cl1: datafile = dnull.ped O:cl1: datafile format = L-POP O:cl1: number of individuals = 300 O:cl1: number of loci = 50 O:cl1: max number of alleles = 5 O:cl1: missing allele value = -9 O:cl1: X chromosome value = -1 O:cl1: number of phenotypes = 9 O:cl1: organism type = Diploid O:cl1: fix-to-class = OFF O:cl1: number of pure classes = 1 O:cl1: number of admix1 classes = 0 O:cl1: admix1 level = 1 O:cl1: number of admix2 classes = 0 O:cl1: total number of classes = 1 O:cl1: group individuals = OFF O:cl1: number of E-M repeats = 10 O:cl1: E-M tolerance = 0.0001 O:cl1: verbosity level 1 = OFF O:cl1: verbosity level 2 = ON O:cl1: verbosity level 3 = OFF O:cl1: output tag = cl1 O:cl1: random number seed = 0 X:cl1: Cls(N) Type P1 C:cl1: 1 Pure 1.0000 k:cl1: Information about repeat E-M convergence k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 k:cl1: 1 2 32341.7088 P(C=1)=1.0000 X:cl1: Fit statistics K:cl1: ML 32341.7088 K:cl1: N(P) 50 K:cl1: AIC 32441.7088 K:cl1: iter 2 X:cl1: Prior latent class probabilities P(C) P:cl1: 1 1.0000 X:cl1: Posterior class probabilities P(C|R) X:cl1: ID Est(k) h(1|R) I:cl1: 1 1 1.0000 I:cl1: 2 1 1.0000 I:cl1: 3 1 1.0000 I:cl1: 4 1 1.0000 I:cl1: 5 1 1.0000 I:cl1: 6 1 1.0000 I:cl1: 7 1 1.0000 I:cl1: 8 1 1.0000 I:cl1: 9 1 1.0000 I:cl1: 10 1 1.0000 I:cl1: 11 1 1.0000 I:cl1: 12 1 1.0000 I:cl1: 13 1 1.0000 I:cl1: 14 1 1.0000 I:cl1: 15 1 1.0000 I:cl1: 16 1 1.0000 I:cl1: 17 1 1.0000 I:cl1: 18 1 1.0000 I:cl1: 19 1 1.0000 I:cl1: 20 1 1.0000 I:cl1: 21 1 1.0000 I:cl1: 22 1 1.0000 I:cl1: 23 1 1.0000 I:cl1: 24 1 1.0000 I:cl1: 25 1 1.0000 I:cl1: 26 1 1.0000 I:cl1: 27 1 1.0000 I:cl1: 28 1 1.0000 I:cl1: 29 1 1.0000 I:cl1: 30 1 1.0000 I:cl1: 31 1 1.0000 I:cl1: 32 1 1.0000 I:cl1: 33 1 1.0000 I:cl1: 34 1 1.0000 I:cl1: 35 1 1.0000 I:cl1: 36 1 1.0000 I:cl1: 37 1 1.0000 I:cl1: 38 1 1.0000 I:cl1: 39 1 1.0000 I:cl1: 40 1 1.0000 I:cl1: 41 1 1.0000 I:cl1: 42 1 1.0000 I:cl1: 43 1 1.0000 I:cl1: 44 1 1.0000 I:cl1: 45 1 1.0000 I:cl1: 46 1 1.0000 I:cl1: 47 1 1.0000 I:cl1: 48 1 1.0000 I:cl1: 49 1 1.0000 I:cl1: 50 1 1.0000 I:cl1: 51 1 1.0000 I:cl1: 52 1 1.0000 I:cl1: 53 1 1.0000 I:cl1: 54 1 1.0000 I:cl1: 55 1 1.0000 I:cl1: 56 1 1.0000 I:cl1: 57 1 1.0000 I:cl1: 58 1 1.0000 I:cl1: 59 1 1.0000 I:cl1: 60 1 1.0000 I:cl1: 61 1 1.0000 I:cl1: 62 1 1.0000 I:cl1: 63 1 1.0000 I:cl1: 64 1 1.0000 I:cl1: 65 1 1.0000 I:cl1: 66 1 1.0000 I:cl1: 67 1 1.0000 I:cl1: 68 1 1.0000 I:cl1: 69 1 1.0000 I:cl1: 70 1 1.0000 I:cl1: 71 1 1.0000 I:cl1: 72 1 1.0000 I:cl1: 73 1 1.0000 I:cl1: 74 1 1.0000 I:cl1: 75 1 1.0000 I:cl1: 76 1 1.0000 I:cl1: 77 1 1.0000 I:cl1: 78 1 1.0000 I:cl1: 79 1 1.0000 I:cl1: 80 1 1.0000 I:cl1: 81 1 1.0000 I:cl1: 82 1 1.0000 I:cl1: 83 1 1.0000 I:cl1: 84 1 1.0000 I:cl1: 85 1 1.0000 I:cl1: 86 1 1.0000 I:cl1: 87 1 1.0000 I:cl1: 88 1 1.0000 I:cl1: 89 1 1.0000 I:cl1: 90 1 1.0000 I:cl1: 91 1 1.0000 I:cl1: 92 1 1.0000 I:cl1: 93 1 1.0000 I:cl1: 94 1 1.0000 I:cl1: 95 1 1.0000 I:cl1: 96 1 1.0000 I:cl1: 97 1 1.0000 I:cl1: 98 1 1.0000 I:cl1: 99 1 1.0000 I:cl1: 100 1 1.0000 I:cl1: 101 1 1.0000 I:cl1: 102 1 1.0000 I:cl1: 103 1 1.0000 I:cl1: 104 1 1.0000 I:cl1: 105 1 1.0000 I:cl1: 106 1 1.0000 I:cl1: 107 1 1.0000 I:cl1: 108 1 1.0000 I:cl1: 109 1 1.0000 I:cl1: 110 1 1.0000 I:cl1: 111 1 1.0000 I:cl1: 112 1 1.0000 I:cl1: 113 1 1.0000 I:cl1: 114 1 1.0000 I:cl1: 115 1 1.0000 I:cl1: 116 1 1.0000 I:cl1: 117 1 1.0000 I:cl1: 118 1 1.0000 I:cl1: 119 1 1.0000 I:cl1: 120 1 1.0000 I:cl1: 121 1 1.0000 I:cl1: 122 1 1.0000 I:cl1: 123 1 1.0000 I:cl1: 124 1 1.0000 I:cl1: 125 1 1.0000 I:cl1: 126 1 1.0000 I:cl1: 127 1 1.0000 I:cl1: 128 1 1.0000 I:cl1: 129 1 1.0000 I:cl1: 130 1 1.0000 I:cl1: 131 1 1.0000 I:cl1: 132 1 1.0000 I:cl1: 133 1 1.0000 I:cl1: 134 1 1.0000 I:cl1: 135 1 1.0000 I:cl1: 136 1 1.0000 I:cl1: 137 1 1.0000 I:cl1: 138 1 1.0000 I:cl1: 139 1 1.0000 I:cl1: 140 1 1.0000 I:cl1: 141 1 1.0000 I:cl1: 142 1 1.0000 I:cl1: 143 1 1.0000 I:cl1: 144 1 1.0000 I:cl1: 145 1 1.0000 I:cl1: 146 1 1.0000 I:cl1: 147 1 1.0000 I:cl1: 148 1 1.0000 I:cl1: 149 1 1.0000 I:cl1: 150 1 1.0000 I:cl1: 151 1 1.0000 I:cl1: 152 1 1.0000 I:cl1: 153 1 1.0000 I:cl1: 154 1 1.0000 I:cl1: 155 1 1.0000 I:cl1: 156 1 1.0000 I:cl1: 157 1 1.0000 I:cl1: 158 1 1.0000 I:cl1: 159 1 1.0000 I:cl1: 160 1 1.0000 I:cl1: 161 1 1.0000 I:cl1: 162 1 1.0000 I:cl1: 163 1 1.0000 I:cl1: 164 1 1.0000 I:cl1: 165 1 1.0000 I:cl1: 166 1 1.0000 I:cl1: 167 1 1.0000 I:cl1: 168 1 1.0000 I:cl1: 169 1 1.0000 I:cl1: 170 1 1.0000 I:cl1: 171 1 1.0000 I:cl1: 172 1 1.0000 I:cl1: 173 1 1.0000 I:cl1: 174 1 1.0000 I:cl1: 175 1 1.0000 I:cl1: 176 1 1.0000 I:cl1: 177 1 1.0000 I:cl1: 178 1 1.0000 I:cl1: 179 1 1.0000 I:cl1: 180 1 1.0000 I:cl1: 181 1 1.0000 I:cl1: 182 1 1.0000 I:cl1: 183 1 1.0000 I:cl1: 184 1 1.0000 I:cl1: 185 1 1.0000 I:cl1: 186 1 1.0000 I:cl1: 187 1 1.0000 I:cl1: 188 1 1.0000 I:cl1: 189 1 1.0000 I:cl1: 190 1 1.0000 I:cl1: 191 1 1.0000 I:cl1: 192 1 1.0000 I:cl1: 193 1 1.0000 I:cl1: 194 1 1.0000 I:cl1: 195 1 1.0000 I:cl1: 196 1 1.0000 I:cl1: 197 1 1.0000 I:cl1: 198 1 1.0000 I:cl1: 199 1 1.0000 I:cl1: 200 1 1.0000 I:cl1: 201 1 1.0000 I:cl1: 202 1 1.0000 I:cl1: 203 1 1.0000 I:cl1: 204 1 1.0000 I:cl1: 205 1 1.0000 I:cl1: 206 1 1.0000 I:cl1: 207 1 1.0000 I:cl1: 208 1 1.0000 I:cl1: 209 1 1.0000 I:cl1: 210 1 1.0000 I:cl1: 211 1 1.0000 I:cl1: 212 1 1.0000 I:cl1: 213 1 1.0000 I:cl1: 214 1 1.0000 I:cl1: 215 1 1.0000 I:cl1: 216 1 1.0000 I:cl1: 217 1 1.0000 I:cl1: 218 1 1.0000 I:cl1: 219 1 1.0000 I:cl1: 220 1 1.0000 I:cl1: 221 1 1.0000 I:cl1: 222 1 1.0000 I:cl1: 223 1 1.0000 I:cl1: 224 1 1.0000 I:cl1: 225 1 1.0000 I:cl1: 226 1 1.0000 I:cl1: 227 1 1.0000 I:cl1: 228 1 1.0000 I:cl1: 229 1 1.0000 I:cl1: 230 1 1.0000 I:cl1: 231 1 1.0000 I:cl1: 232 1 1.0000 I:cl1: 233 1 1.0000 I:cl1: 234 1 1.0000 I:cl1: 235 1 1.0000 I:cl1: 236 1 1.0000 I:cl1: 237 1 1.0000 I:cl1: 238 1 1.0000 I:cl1: 239 1 1.0000 I:cl1: 240 1 1.0000 I:cl1: 241 1 1.0000 I:cl1: 242 1 1.0000 I:cl1: 243 1 1.0000 I:cl1: 244 1 1.0000 I:cl1: 245 1 1.0000 I:cl1: 246 1 1.0000 I:cl1: 247 1 1.0000 I:cl1: 248 1 1.0000 I:cl1: 249 1 1.0000 I:cl1: 250 1 1.0000 I:cl1: 251 1 1.0000 I:cl1: 252 1 1.0000 I:cl1: 253 1 1.0000 I:cl1: 254 1 1.0000 I:cl1: 255 1 1.0000 I:cl1: 256 1 1.0000 I:cl1: 257 1 1.0000 I:cl1: 258 1 1.0000 I:cl1: 259 1 1.0000 I:cl1: 260 1 1.0000 I:cl1: 261 1 1.0000 I:cl1: 262 1 1.0000 I:cl1: 263 1 1.0000 I:cl1: 264 1 1.0000 I:cl1: 265 1 1.0000 I:cl1: 266 1 1.0000 I:cl1: 267 1 1.0000 I:cl1: 268 1 1.0000 I:cl1: 269 1 1.0000 I:cl1: 270 1 1.0000 I:cl1: 271 1 1.0000 I:cl1: 272 1 1.0000 I:cl1: 273 1 1.0000 I:cl1: 274 1 1.0000 I:cl1: 275 1 1.0000 I:cl1: 276 1 1.0000 I:cl1: 277 1 1.0000 I:cl1: 278 1 1.0000 I:cl1: 279 1 1.0000 I:cl1: 280 1 1.0000 I:cl1: 281 1 1.0000 I:cl1: 282 1 1.0000 I:cl1: 283 1 1.0000 I:cl1: 284 1 1.0000 I:cl1: 285 1 1.0000 I:cl1: 286 1 1.0000 I:cl1: 287 1 1.0000 I:cl1: 288 1 1.0000 I:cl1: 289 1 1.0000 I:cl1: 290 1 1.0000 I:cl1: 291 1 1.0000 I:cl1: 292 1 1.0000 I:cl1: 293 1 1.0000 I:cl1: 294 1 1.0000 I:cl1: 295 1 1.0000 I:cl1: 296 1 1.0000 I:cl1: 297 1 1.0000 I:cl1: 298 1 1.0000 I:cl1: 299 1 1.0000 I:cl1: 300 1 1.0000 X:cl1: Class-specific allele frequencies P(R|C) M:cl1: l=1 j=1 p(A=2|j)= 0.4717 p(A=1|j)= 0.5283 M:cl1: l=2 j=1 p(A=2|j)= 0.5000 p(A=1|j)= 0.5000 M:cl1: l=3 j=1 p(A=2|j)= 0.4983 p(A=1|j)= 0.5017 M:cl1: l=4 j=1 p(A=2|j)= 0.4667 p(A=1|j)= 0.5333 M:cl1: l=5 j=1 p(A=1|j)= 0.4733 p(A=2|j)= 0.5267 M:cl1: l=6 j=1 p(A=1|j)= 0.4483 p(A=2|j)= 0.5517 M:cl1: l=7 j=1 p(A=2|j)= 0.5033 p(A=1|j)= 0.4967 M:cl1: l=8 j=1 p(A=1|j)= 0.5033 p(A=2|j)= 0.4967 M:cl1: l=9 j=1 p(A=2|j)= 0.4833 p(A=1|j)= 0.5167 M:cl1: l=10 j=1 p(A=2|j)= 0.4817 p(A=1|j)= 0.5183 M:cl1: l=11 j=1 p(A=1|j)= 0.4967 p(A=2|j)= 0.5033 M:cl1: l=12 j=1 p(A=2|j)= 0.4917 p(A=1|j)= 0.5083 M:cl1: l=13 j=1 p(A=2|j)= 0.4683 p(A=1|j)= 0.5317 M:cl1: l=14 j=1 p(A=2|j)= 0.5017 p(A=1|j)= 0.4983 M:cl1: l=15 j=1 p(A=2|j)= 0.4783 p(A=1|j)= 0.5217 M:cl1: l=16 j=1 p(A=1|j)= 0.5200 p(A=2|j)= 0.4800 M:cl1: l=17 j=1 p(A=2|j)= 0.4950 p(A=1|j)= 0.5050 M:cl1: l=18 j=1 p(A=2|j)= 0.4950 p(A=1|j)= 0.5050 M:cl1: l=19 j=1 p(A=1|j)= 0.5000 p(A=2|j)= 0.5000 M:cl1: l=20 j=1 p(A=2|j)= 0.5083 p(A=1|j)= 0.4917 M:cl1: l=21 j=1 p(A=1|j)= 0.4767 p(A=2|j)= 0.5233 M:cl1: l=22 j=1 p(A=2|j)= 0.5067 p(A=1|j)= 0.4933 M:cl1: l=23 j=1 p(A=2|j)= 0.5217 p(A=1|j)= 0.4783 M:cl1: l=24 j=1 p(A=2|j)= 0.5200 p(A=1|j)= 0.4800 M:cl1: l=25 j=1 p(A=2|j)= 0.4900 p(A=1|j)= 0.5100 M:cl1: l=26 j=1 p(A=1|j)= 0.5150 p(A=2|j)= 0.4850 M:cl1: l=27 j=1 p(A=1|j)= 0.5283 p(A=2|j)= 0.4717 M:cl1: l=28 j=1 p(A=2|j)= 0.5183 p(A=1|j)= 0.4817 M:cl1: l=29 j=1 p(A=2|j)= 0.4950 p(A=1|j)= 0.5050 M:cl1: l=30 j=1 p(A=1|j)= 0.5050 p(A=2|j)= 0.4950 M:cl1: l=31 j=1 p(A=2|j)= 0.5017 p(A=1|j)= 0.4983 M:cl1: l=32 j=1 p(A=1|j)= 0.5150 p(A=2|j)= 0.4850 M:cl1: l=33 j=1 p(A=1|j)= 0.5017 p(A=2|j)= 0.4983 M:cl1: l=34 j=1 p(A=2|j)= 0.5250 p(A=1|j)= 0.4750 M:cl1: l=35 j=1 p(A=2|j)= 0.5017 p(A=1|j)= 0.4983 M:cl1: l=36 j=1 p(A=2|j)= 0.5317 p(A=1|j)= 0.4683 M:cl1: l=37 j=1 p(A=2|j)= 0.4917 p(A=1|j)= 0.5083 M:cl1: l=38 j=1 p(A=2|j)= 0.5367 p(A=1|j)= 0.4633 M:cl1: l=39 j=1 p(A=2|j)= 0.5100 p(A=1|j)= 0.4900 M:cl1: l=40 j=1 p(A=2|j)= 0.5250 p(A=1|j)= 0.4750 M:cl1: l=41 j=1 p(A=1|j)= 0.5050 p(A=2|j)= 0.4950 M:cl1: l=42 j=1 p(A=1|j)= 0.4983 p(A=2|j)= 0.5017 M:cl1: l=43 j=1 p(A=2|j)= 0.5250 p(A=1|j)= 0.4750 M:cl1: l=44 j=1 p(A=2|j)= 0.5033 p(A=1|j)= 0.4967 M:cl1: l=45 j=1 p(A=2|j)= 0.5000 p(A=1|j)= 0.5000 M:cl1: l=46 j=1 p(A=2|j)= 0.5233 p(A=1|j)= 0.4767 M:cl1: l=47 j=1 p(A=2|j)= 0.5050 p(A=1|j)= 0.4950 M:cl1: l=48 j=1 p(A=2|j)= 0.5100 p(A=1|j)= 0.4900 M:cl1: l=49 j=1 p(A=1|j)= 0.5050 p(A=2|j)= 0.4950 M:cl1: l=50 j=1 p(A=2|j)= 0.5250 p(A=1|j)= 0.4750 ++ L-POP Version 1.2 -- Shaun Purcell & Pak Sham -- Nov. 2001 ++ O:cl2: Parameter details O:cl2: title = Workshop population stratification example O:cl2: datafile = dnull.ped O:cl2: datafile format = L-POP O:cl2: number of individuals = 300 O:cl2: number of loci = 50 O:cl2: max number of alleles = 5 O:cl2: missing allele value = -9 O:cl2: X chromosome value = -1 O:cl2: number of phenotypes = 9 O:cl2: organism type = Diploid O:cl2: fix-to-class = OFF O:cl2: number of pure classes = 2 O:cl2: number of admix1 classes = 0 O:cl2: admix1 level = 1 O:cl2: number of admix2 classes = 0 O:cl2: total number of classes = 2 O:cl2: group individuals = OFF O:cl2: number of E-M repeats = 10 O:cl2: E-M tolerance = 0.0001 O:cl2: verbosity level 1 = OFF O:cl2: verbosity level 2 = ON O:cl2: verbosity level 3 = OFF O:cl2: output tag = cl2 O:cl2: random number seed = 0 X:cl2: Cls(N) Type P1 P2 C:cl2: 1 Pure 1.0000 0.0000 C:cl2: 2 Pure 0.0000 1.0000 k:cl2: Information about repeat E-M convergence k:cl2: 2 7 30105.3687 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.3335 k:cl2: 2 8 30105.3687 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.3335 k:cl2: 2 7 30105.3687 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.3335 k:cl2: 2 7 30105.3687 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.3335 k:cl2: 2 7 30105.3687 P(C=1)=0.3335 P(C=2)=0.6665 k:cl2: 2 8 30105.3687 P(C=1)=0.3335 P(C=2)=0.6665 k:cl2: 2 8 30105.3687 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.3335 k:cl2: 2 9 30105.3687 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.3335 k:cl2: 2 8 30105.3687 P(C=1)=0.3335 P(C=2)=0.6665 k:cl2: 2 7 30105.3687 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.3335 X:cl2: Fit statistics K:cl2: ML 30105.3687 K:cl2: N(P) 101 K:cl2: AIC 30307.3687 K:cl2: iter 7 X:cl2: Prior latent class probabilities P(C) P:cl2: 1 0.6665 P:cl2: 2 0.3335 X:cl2: Posterior class probabilities P(C|R) X:cl2: ID Est(k) h(1|R) h(2|R) I:cl2: 1 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 2 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 3 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 4 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 5 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 6 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 7 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 8 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 9 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 10 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 11 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 12 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 13 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 14 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 15 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 16 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 17 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 18 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 19 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 20 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 21 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 22 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 23 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 24 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 25 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 26 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 27 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 28 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 29 1 0.9996 0.0004 I:cl2: 30 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 31 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 32 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 33 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 34 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 35 1 0.9933 0.0067 I:cl2: 36 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 37 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 38 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 39 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 40 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 41 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 42 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 43 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 44 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 45 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 46 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 47 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 48 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 49 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 50 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 51 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 52 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 53 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 54 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 55 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 56 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 57 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 58 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 59 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 60 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 61 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 62 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 63 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 64 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 65 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 66 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 67 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 68 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 69 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 70 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 71 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 72 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 73 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 74 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 75 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 76 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 77 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 78 1 0.9999 0.0001 I:cl2: 79 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 80 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 81 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 82 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 83 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 84 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 85 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 86 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 87 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 88 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 89 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 90 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 91 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 92 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 93 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 94 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 95 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 96 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 97 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 98 1 0.9999 0.0001 I:cl2: 99 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 100 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 101 1 0.9979 0.0021 I:cl2: 102 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 103 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 104 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 105 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 106 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 107 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 108 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 109 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 110 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 111 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 112 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 113 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 114 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 115 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 116 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 117 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 118 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 119 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 120 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 121 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 122 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 123 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 124 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 125 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 126 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 127 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 128 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 129 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 130 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 131 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 132 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 133 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 134 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 135 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 136 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 137 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 138 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 139 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 140 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 141 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 142 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 143 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 144 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 145 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 146 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 147 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 148 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 149 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 150 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 151 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 152 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 153 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 154 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 155 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 156 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 157 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 158 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 159 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 160 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 161 1 0.9997 0.0003 I:cl2: 162 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 163 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 164 1 0.9589 0.0411 I:cl2: 165 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 166 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 167 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 168 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 169 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 170 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 171 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 172 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 173 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 174 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 175 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 176 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 177 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 178 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 179 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 180 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 181 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 182 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 183 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 184 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 185 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 186 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 187 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 188 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 189 1 0.9979 0.0021 I:cl2: 190 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 191 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 192 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 193 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 194 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 195 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 196 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 197 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 198 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 199 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 200 1 1.0000 0.0000 I:cl2: 201 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 202 2 0.0001 0.9999 I:cl2: 203 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 204 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 205 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 206 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 207 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 208 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 209 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 210 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 211 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 212 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 213 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 214 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 215 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 216 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 217 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 218 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 219 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 220 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 221 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 222 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 223 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 224 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 225 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 226 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 227 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 228 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 229 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 230 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 231 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 232 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 233 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 234 2 0.0072 0.9928 I:cl2: 235 2 0.0002 0.9998 I:cl2: 236 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 237 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 238 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 239 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 240 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 241 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 242 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 243 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 244 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 245 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 246 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 247 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 248 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 249 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 250 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 251 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 252 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 253 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 254 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 255 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 256 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 257 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 258 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 259 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 260 2 0.0001 0.9999 I:cl2: 261 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 262 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 263 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 264 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 265 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 266 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 267 2 0.0001 0.9999 I:cl2: 268 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 269 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 270 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 271 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 272 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 273 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 274 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 275 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 276 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 277 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 278 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 279 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 280 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 281 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 282 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 283 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 284 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 285 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 286 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 287 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 288 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 289 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 290 2 0.0001 0.9999 I:cl2: 291 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 292 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 293 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 294 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 295 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 296 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 297 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 298 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 299 2 0.0000 1.0000 I:cl2: 300 2 0.0000 1.0000 X:cl2: Class-specific allele frequencies P(R|C) M:cl2: l=1 j=1 p(A=2|j)= 0.5876 p(A=1|j)= 0.4124 M:cl2: l=1 j=2 p(A=2|j)= 0.2399 p(A=1|j)= 0.7601 M:cl2: l=2 j=1 p(A=2|j)= 0.6024 p(A=1|j)= 0.3976 M:cl2: l=2 j=2 p(A=2|j)= 0.2953 p(A=1|j)= 0.7047 M:cl2: l=3 j=1 p(A=2|j)= 0.5951 p(A=1|j)= 0.4049 M:cl2: l=3 j=2 p(A=2|j)= 0.3049 p(A=1|j)= 0.6951 M:cl2: l=4 j=1 p(A=2|j)= 0.5726 p(A=1|j)= 0.4274 M:cl2: l=4 j=2 p(A=2|j)= 0.2550 p(A=1|j)= 0.7450 M:cl2: l=5 j=1 p(A=1|j)= 0.3800 p(A=2|j)= 0.6200 M:cl2: l=5 j=2 p(A=1|j)= 0.6599 p(A=2|j)= 0.3401 M:cl2: l=6 j=1 p(A=1|j)= 0.3624 p(A=2|j)= 0.6376 M:cl2: l=6 j=2 p(A=1|j)= 0.6200 p(A=2|j)= 0.3800 M:cl2: l=7 j=1 p(A=2|j)= 0.6375 p(A=1|j)= 0.3625 M:cl2: l=7 j=2 p(A=2|j)= 0.2351 p(A=1|j)= 0.7649 M:cl2: l=8 j=1 p(A=1|j)= 0.3875 p(A=2|j)= 0.6125 M:cl2: l=8 j=2 p(A=1|j)= 0.7348 p(A=2|j)= 0.2652 M:cl2: l=9 j=1 p(A=2|j)= 0.5626 p(A=1|j)= 0.4374 M:cl2: l=9 j=2 p(A=2|j)= 0.3249 p(A=1|j)= 0.6751 M:cl2: l=10 j=1 p(A=2|j)= 0.5950 p(A=1|j)= 0.4050 M:cl2: l=10 j=2 p(A=2|j)= 0.2551 p(A=1|j)= 0.7449 M:cl2: l=11 j=1 p(A=1|j)= 0.4001 p(A=2|j)= 0.5999 M:cl2: l=11 j=2 p(A=1|j)= 0.6896 p(A=2|j)= 0.3104 M:cl2: l=12 j=1 p(A=2|j)= 0.5925 p(A=1|j)= 0.4075 M:cl2: l=12 j=2 p(A=2|j)= 0.2901 p(A=1|j)= 0.7099 M:cl2: l=13 j=1 p(A=2|j)= 0.5600 p(A=1|j)= 0.4400 M:cl2: l=13 j=2 p(A=2|j)= 0.2851 p(A=1|j)= 0.7149 M:cl2: l=14 j=1 p(A=2|j)= 0.6151 p(A=1|j)= 0.3849 M:cl2: l=14 j=2 p(A=2|j)= 0.2750 p(A=1|j)= 0.7250 M:cl2: l=15 j=1 p(A=2|j)= 0.5950 p(A=1|j)= 0.4050 M:cl2: l=15 j=2 p(A=2|j)= 0.2451 p(A=1|j)= 0.7549 M:cl2: l=16 j=1 p(A=1|j)= 0.4175 p(A=2|j)= 0.5825 M:cl2: l=16 j=2 p(A=1|j)= 0.7248 p(A=2|j)= 0.2752 M:cl2: l=17 j=1 p(A=2|j)= 0.5900 p(A=1|j)= 0.4100 M:cl2: l=17 j=2 p(A=2|j)= 0.3051 p(A=1|j)= 0.6949 M:cl2: l=18 j=1 p(A=2|j)= 0.5976 p(A=1|j)= 0.4024 M:cl2: l=18 j=2 p(A=2|j)= 0.2900 p(A=1|j)= 0.7100 M:cl2: l=19 j=1 p(A=1|j)= 0.3850 p(A=2|j)= 0.6150 M:cl2: l=19 j=2 p(A=1|j)= 0.7299 p(A=2|j)= 0.2701 M:cl2: l=20 j=1 p(A=2|j)= 0.6052 p(A=1|j)= 0.3948 M:cl2: l=20 j=2 p(A=2|j)= 0.3148 p(A=1|j)= 0.6852 M:cl2: l=21 j=1 p(A=1|j)= 0.3548 p(A=2|j)= 0.6452 M:cl2: l=21 j=2 p(A=1|j)= 0.7202 p(A=2|j)= 0.2798 M:cl2: l=22 j=1 p(A=2|j)= 0.6176 p(A=1|j)= 0.3824 M:cl2: l=22 j=2 p(A=2|j)= 0.2850 p(A=1|j)= 0.7150 M:cl2: l=23 j=1 p(A=2|j)= 0.6275 p(A=1|j)= 0.3725 M:cl2: l=23 j=2 p(A=2|j)= 0.3101 p(A=1|j)= 0.6899 M:cl2: l=24 j=1 p(A=2|j)= 0.6325 p(A=1|j)= 0.3675 M:cl2: l=24 j=2 p(A=2|j)= 0.2951 p(A=1|j)= 0.7049 M:cl2: l=25 j=1 p(A=2|j)= 0.5851 p(A=1|j)= 0.4149 M:cl2: l=25 j=2 p(A=2|j)= 0.2999 p(A=1|j)= 0.7001 M:cl2: l=26 j=1 p(A=1|j)= 0.6050 p(A=2|j)= 0.3950 M:cl2: l=26 j=2 p(A=1|j)= 0.3351 p(A=2|j)= 0.6649 M:cl2: l=27 j=1 p(A=1|j)= 0.6251 p(A=2|j)= 0.3749 M:cl2: l=27 j=2 p(A=1|j)= 0.3349 p(A=2|j)= 0.6651 M:cl2: l=28 j=1 p(A=2|j)= 0.4025 p(A=1|j)= 0.5975 M:cl2: l=28 j=2 p(A=2|j)= 0.7499 p(A=1|j)= 0.2501 M:cl2: l=29 j=1 p(A=2|j)= 0.3926 p(A=1|j)= 0.6074 M:cl2: l=29 j=2 p(A=2|j)= 0.6997 p(A=1|j)= 0.3003 M:cl2: l=30 j=1 p(A=1|j)= 0.6274 p(A=2|j)= 0.3726 M:cl2: l=30 j=2 p(A=1|j)= 0.2603 p(A=2|j)= 0.7397 M:cl2: l=31 j=1 p(A=2|j)= 0.3949 p(A=1|j)= 0.6051 M:cl2: l=31 j=2 p(A=2|j)= 0.7151 p(A=1|j)= 0.2849 M:cl2: l=32 j=1 p(A=1|j)= 0.6402 p(A=2|j)= 0.3598 M:cl2: l=32 j=2 p(A=1|j)= 0.2649 p(A=2|j)= 0.7351 M:cl2: l=33 j=1 p(A=1|j)= 0.5626 p(A=2|j)= 0.4374 M:cl2: l=33 j=2 p(A=1|j)= 0.3799 p(A=2|j)= 0.6201 M:cl2: l=34 j=1 p(A=2|j)= 0.4225 p(A=1|j)= 0.5775 M:cl2: l=34 j=2 p(A=2|j)= 0.7299 p(A=1|j)= 0.2701 M:cl2: l=35 j=1 p(A=2|j)= 0.3751 p(A=1|j)= 0.6249 M:cl2: l=35 j=2 p(A=2|j)= 0.7547 p(A=1|j)= 0.2453 M:cl2: l=36 j=1 p(A=2|j)= 0.4475 p(A=1|j)= 0.5525 M:cl2: l=36 j=2 p(A=2|j)= 0.6999 p(A=1|j)= 0.3001 M:cl2: l=37 j=1 p(A=2|j)= 0.3876 p(A=1|j)= 0.6124 M:cl2: l=37 j=2 p(A=2|j)= 0.6997 p(A=1|j)= 0.3003 M:cl2: l=38 j=1 p(A=2|j)= 0.4549 p(A=1|j)= 0.5451 M:cl2: l=38 j=2 p(A=2|j)= 0.7001 p(A=1|j)= 0.2999 M:cl2: l=39 j=1 p(A=2|j)= 0.4150 p(A=1|j)= 0.5850 M:cl2: l=39 j=2 p(A=2|j)= 0.6999 p(A=1|j)= 0.3001 M:cl2: l=40 j=1 p(A=2|j)= 0.4276 p(A=1|j)= 0.5724 M:cl2: l=40 j=2 p(A=2|j)= 0.7197 p(A=1|j)= 0.2803 M:cl2: l=41 j=1 p(A=1|j)= 0.5750 p(A=2|j)= 0.4250 M:cl2: l=41 j=2 p(A=1|j)= 0.3650 p(A=2|j)= 0.6350 M:cl2: l=42 j=1 p(A=1|j)= 0.5999 p(A=2|j)= 0.4001 M:cl2: l=42 j=2 p(A=1|j)= 0.2953 p(A=2|j)= 0.7047 M:cl2: l=43 j=1 p(A=2|j)= 0.4149 p(A=1|j)= 0.5851 M:cl2: l=43 j=2 p(A=2|j)= 0.7451 p(A=1|j)= 0.2549 M:cl2: l=44 j=1 p(A=2|j)= 0.3976 p(A=1|j)= 0.6024 M:cl2: l=44 j=2 p(A=2|j)= 0.7147 p(A=1|j)= 0.2853 M:cl2: l=45 j=1 p(A=2|j)= 0.4100 p(A=1|j)= 0.5900 M:cl2: l=45 j=2 p(A=2|j)= 0.6800 p(A=1|j)= 0.3200 M:cl2: l=46 j=1 p(A=2|j)= 0.4425 p(A=1|j)= 0.5575 M:cl2: l=46 j=2 p(A=2|j)= 0.6849 p(A=1|j)= 0.3151 M:cl2: l=47 j=1 p(A=2|j)= 0.4199 p(A=1|j)= 0.5801 M:cl2: l=47 j=2 p(A=2|j)= 0.6750 p(A=1|j)= 0.3250 M:cl2: l=48 j=1 p(A=2|j)= 0.3876 p(A=1|j)= 0.6124 M:cl2: l=48 j=2 p(A=2|j)= 0.7547 p(A=1|j)= 0.2453 M:cl2: l=49 j=1 p(A=1|j)= 0.5950 p(A=2|j)= 0.4050 M:cl2: l=49 j=2 p(A=1|j)= 0.3251 p(A=2|j)= 0.6749 M:cl2: l=50 j=1 p(A=2|j)= 0.4126 p(A=1|j)= 0.5874 M:cl2: l=50 j=2 p(A=2|j)= 0.7497 p(A=1|j)= 0.2503 D:cl2: Inter-class Nei genetic distance matrix D:cl2: 1 2 D:cl2: 1 0.0000 0.1872 D:cl2: 2 0.1872 0.0000 ++ L-POP Version 1.2 -- Shaun Purcell & Pak Sham -- Nov. 2001 ++ O:cl3: Parameter details O:cl3: title = Workshop population stratification example O:cl3: datafile = dnull.ped O:cl3: datafile format = L-POP O:cl3: number of individuals = 300 O:cl3: number of loci = 50 O:cl3: max number of alleles = 5 O:cl3: missing allele value = -9 O:cl3: X chromosome value = -1 O:cl3: number of phenotypes = 9 O:cl3: organism type = Diploid O:cl3: fix-to-class = OFF O:cl3: number of pure classes = 3 O:cl3: number of admix1 classes = 0 O:cl3: admix1 level = 1 O:cl3: number of admix2 classes = 0 O:cl3: total number of classes = 3 O:cl3: group individuals = OFF O:cl3: number of E-M repeats = 10 O:cl3: E-M tolerance = 0.0001 O:cl3: verbosity level 1 = OFF O:cl3: verbosity level 2 = ON O:cl3: verbosity level 3 = OFF O:cl3: output tag = cl3 O:cl3: random number seed = 0 X:cl3: Cls(N) Type P1 P2 P3 C:cl3: 1 Pure 1.0000 0.0000 0.0000 C:cl3: 2 Pure 0.0000 1.0000 0.0000 C:cl3: 3 Pure 0.0000 0.0000 1.0000 k:cl3: Information about repeat E-M convergence k:cl3: 3 9 29411.0991 P(C=1)=0.3333 P(C=2)=0.3400 P(C=3)=0.3267 k:cl3: 3 17 29411.0991 P(C=1)=0.3399 P(C=2)=0.3333 P(C=3)=0.3268 k:cl3: 3 9 29411.0991 P(C=1)=0.3267 P(C=2)=0.3400 P(C=3)=0.3333 k:cl3: 3 15 29411.0991 P(C=1)=0.3267 P(C=2)=0.3400 P(C=3)=0.3333 k:cl3: 3 12 29411.0991 P(C=1)=0.3268 P(C=2)=0.3399 P(C=3)=0.3333 k:cl3: 3 11 29411.0991 P(C=1)=0.3267 P(C=2)=0.3400 P(C=3)=0.3333 k:cl3: 3 45 30020.8371 P(C=1)=0.6665 P(C=2)=0.2748 P(C=3)=0.0587 k:cl3: 3 12 29411.0991 P(C=1)=0.3267 P(C=2)=0.3333 P(C=3)=0.3400 k:cl3: 3 11 29411.0991 P(C=1)=0.3400 P(C=2)=0.3267 P(C=3)=0.3333 k:cl3: 3 13 29411.0991 P(C=1)=0.3399 P(C=2)=0.3333 P(C=3)=0.3268 X:cl3: Fit statistics K:cl3: ML 29411.0991 K:cl3: N(P) 152 K:cl3: AIC 29715.0991 K:cl3: iter 11 X:cl3: Prior latent class probabilities P(C) P:cl3: 1 0.3267 P:cl3: 2 0.3400 P:cl3: 3 0.3333 X:cl3: Posterior class probabilities P(C|R) X:cl3: ID Est(k) h(1|R) h(2|R) h(3|R) I:cl3: 1 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 2 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 3 2 0.0068 0.9932 0.0000 I:cl3: 4 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 5 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 6 2 0.0291 0.9709 0.0000 I:cl3: 7 2 0.0005 0.9995 0.0000 I:cl3: 8 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 9 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 10 2 0.0044 0.9956 0.0000 I:cl3: 11 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 12 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 13 2 0.0001 0.9999 0.0000 I:cl3: 14 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 15 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 16 2 0.0364 0.9636 0.0000 I:cl3: 17 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 18 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 19 2 0.0036 0.9964 0.0000 I:cl3: 20 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 21 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 22 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 23 2 0.0001 0.9999 0.0000 I:cl3: 24 2 0.0008 0.9992 0.0000 I:cl3: 25 2 0.0019 0.9981 0.0000 I:cl3: 26 2 0.0004 0.9996 0.0000 I:cl3: 27 2 0.0152 0.9848 0.0000 I:cl3: 28 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 29 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 30 2 0.0005 0.9995 0.0000 I:cl3: 31 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 32 2 0.0005 0.9995 0.0000 I:cl3: 33 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 34 2 0.0014 0.9986 0.0000 I:cl3: 35 2 0.0000 0.9991 0.0008 I:cl3: 36 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 37 2 0.0017 0.9983 0.0000 I:cl3: 38 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 39 2 0.0719 0.9281 0.0000 I:cl3: 40 2 0.0006 0.9994 0.0000 I:cl3: 41 2 0.0035 0.9965 0.0000 I:cl3: 42 2 0.0469 0.9531 0.0000 I:cl3: 43 2 0.0006 0.9994 0.0000 I:cl3: 44 2 0.0004 0.9996 0.0000 I:cl3: 45 2 0.0032 0.9968 0.0000 I:cl3: 46 2 0.0101 0.9899 0.0000 I:cl3: 47 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 48 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 49 2 0.0453 0.9547 0.0000 I:cl3: 50 2 0.0001 0.9999 0.0000 I:cl3: 51 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 52 2 0.0001 0.9999 0.0000 I:cl3: 53 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 54 2 0.0010 0.9990 0.0000 I:cl3: 55 2 0.0095 0.9905 0.0000 I:cl3: 56 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 57 2 0.0001 0.9999 0.0000 I:cl3: 58 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 59 2 0.2782 0.7218 0.0000 I:cl3: 60 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 61 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 62 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 63 2 0.0005 0.9995 0.0000 I:cl3: 64 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 65 2 0.0017 0.9983 0.0000 I:cl3: 66 2 0.0075 0.9925 0.0000 I:cl3: 67 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 68 2 0.0001 0.9999 0.0000 I:cl3: 69 2 0.0147 0.9853 0.0000 I:cl3: 70 2 0.0009 0.9991 0.0000 I:cl3: 71 2 0.0001 0.9999 0.0000 I:cl3: 72 2 0.0005 0.9995 0.0000 I:cl3: 73 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 74 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 75 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 76 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 77 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 78 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 79 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 80 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 81 2 0.0002 0.9998 0.0000 I:cl3: 82 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 83 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 84 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 85 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 86 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 87 2 0.0003 0.9997 0.0000 I:cl3: 88 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 89 2 0.0169 0.9831 0.0000 I:cl3: 90 2 0.0584 0.9416 0.0000 I:cl3: 91 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 92 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 93 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 94 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 95 2 0.0005 0.9995 0.0000 I:cl3: 96 2 0.0555 0.9445 0.0000 I:cl3: 97 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 98 1 0.5524 0.4467 0.0009 I:cl3: 99 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 100 2 0.0000 1.0000 0.0000 I:cl3: 101 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 102 1 0.9946 0.0054 0.0000 I:cl3: 103 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 104 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 105 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 106 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 107 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 108 1 0.9786 0.0214 0.0000 I:cl3: 109 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 110 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 111 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 112 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 113 1 0.9998 0.0002 0.0000 I:cl3: 114 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 115 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 116 1 0.9887 0.0113 0.0000 I:cl3: 117 1 0.9984 0.0016 0.0000 I:cl3: 118 1 0.9989 0.0011 0.0000 I:cl3: 119 1 0.9993 0.0007 0.0000 I:cl3: 120 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 121 1 0.9372 0.0628 0.0000 I:cl3: 122 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 123 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 124 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 125 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 126 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 127 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 128 2 0.1633 0.8367 0.0000 I:cl3: 129 1 0.9928 0.0072 0.0000 I:cl3: 130 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 131 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 132 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 133 1 0.9992 0.0008 0.0000 I:cl3: 134 1 0.9984 0.0016 0.0000 I:cl3: 135 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 136 1 0.9993 0.0007 0.0000 I:cl3: 137 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 138 1 0.9983 0.0017 0.0000 I:cl3: 139 1 0.9993 0.0007 0.0000 I:cl3: 140 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 141 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 142 1 0.9986 0.0014 0.0000 I:cl3: 143 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 144 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 145 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 146 1 0.9961 0.0039 0.0000 I:cl3: 147 1 0.9982 0.0018 0.0000 I:cl3: 148 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 149 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 150 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 151 1 0.5625 0.4375 0.0000 I:cl3: 152 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 153 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 154 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 155 2 0.0218 0.9782 0.0000 I:cl3: 156 2 0.3849 0.6151 0.0000 I:cl3: 157 1 0.9600 0.0400 0.0000 I:cl3: 158 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 159 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 160 1 0.9991 0.0009 0.0000 I:cl3: 161 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 162 1 0.9997 0.0003 0.0000 I:cl3: 163 1 0.9998 0.0002 0.0000 I:cl3: 164 1 0.9983 0.0000 0.0017 I:cl3: 165 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 166 1 0.9996 0.0004 0.0000 I:cl3: 167 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 168 1 0.9858 0.0142 0.0000 I:cl3: 169 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 170 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 171 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 172 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 173 1 0.9895 0.0105 0.0000 I:cl3: 174 1 0.9994 0.0006 0.0000 I:cl3: 175 1 0.9974 0.0026 0.0000 I:cl3: 176 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 177 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 178 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 179 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 180 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 181 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 182 1 0.9998 0.0002 0.0000 I:cl3: 183 1 0.9804 0.0196 0.0000 I:cl3: 184 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 185 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 186 1 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl3: 187 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 188 1 0.9793 0.0207 0.0000 I:cl3: 189 1 0.9963 0.0015 0.0022 I:cl3: 190 1 0.9977 0.0023 0.0000 I:cl3: 191 1 0.9995 0.0005 0.0000 I:cl3: 192 1 0.9813 0.0187 0.0000 I:cl3: 193 1 0.9997 0.0003 0.0000 I:cl3: 194 1 0.9978 0.0022 0.0000 I:cl3: 195 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 196 1 0.9996 0.0004 0.0000 I:cl3: 197 1 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl3: 198 1 0.9993 0.0007 0.0000 I:cl3: 199 1 0.9961 0.0039 0.0000 I:cl3: 200 1 0.8642 0.1358 0.0000 I:cl3: 201 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 202 3 0.0001 0.0000 0.9999 I:cl3: 203 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 204 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 205 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 206 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 207 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 208 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 209 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 210 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 211 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 212 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 213 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 214 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 215 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 216 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 217 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 218 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 219 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 220 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 221 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 222 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 223 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 224 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 225 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 226 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 227 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 228 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 229 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 230 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 231 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 232 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 233 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 234 3 0.0054 0.0000 0.9946 I:cl3: 235 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 236 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 237 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 238 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 239 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 240 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 241 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 242 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 243 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 244 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 245 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 246 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 247 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 248 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 249 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 250 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 251 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 252 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 253 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 254 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 255 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 256 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 257 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 258 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 259 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 260 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 261 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 262 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 263 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 264 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 265 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 266 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 267 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 268 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 269 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 270 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 271 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 272 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 273 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 274 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 275 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 276 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 277 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 278 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 279 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 280 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 281 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 282 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 283 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 284 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 285 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 286 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 287 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 288 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 289 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 290 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 291 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 292 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 293 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 294 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 295 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 296 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 297 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 298 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 299 3 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl3: 300 3 0.0000 0.0000 1.0000 X:cl3: Class-specific allele frequencies P(R|C) M:cl3: l=1 j=1 p(A=2|j)= 0.5045 p(A=1|j)= 0.4955 M:cl3: l=1 j=2 p(A=2|j)= 0.6673 p(A=1|j)= 0.3327 M:cl3: l=1 j=3 p(A=2|j)= 0.2400 p(A=1|j)= 0.7600 M:cl3: l=2 j=1 p(A=2|j)= 0.5147 p(A=1|j)= 0.4853 M:cl3: l=2 j=2 p(A=2|j)= 0.6869 p(A=1|j)= 0.3131 M:cl3: l=2 j=3 p(A=2|j)= 0.2950 p(A=1|j)= 0.7050 M:cl3: l=3 j=1 p(A=2|j)= 0.5026 p(A=1|j)= 0.4974 M:cl3: l=3 j=2 p(A=2|j)= 0.6838 p(A=1|j)= 0.3162 M:cl3: l=3 j=3 p(A=2|j)= 0.3050 p(A=1|j)= 0.6950 M:cl3: l=4 j=1 p(A=2|j)= 0.4233 p(A=1|j)= 0.5767 M:cl3: l=4 j=2 p(A=2|j)= 0.7159 p(A=1|j)= 0.2841 M:cl3: l=4 j=3 p(A=2|j)= 0.2550 p(A=1|j)= 0.7450 M:cl3: l=5 j=1 p(A=1|j)= 0.4525 p(A=2|j)= 0.5475 M:cl3: l=5 j=2 p(A=1|j)= 0.3103 p(A=2|j)= 0.6897 M:cl3: l=5 j=3 p(A=1|j)= 0.6600 p(A=2|j)= 0.3400 M:cl3: l=6 j=1 p(A=1|j)= 0.4261 p(A=2|j)= 0.5739 M:cl3: l=6 j=2 p(A=1|j)= 0.3013 p(A=2|j)= 0.6987 M:cl3: l=6 j=3 p(A=1|j)= 0.6200 p(A=2|j)= 0.3800 M:cl3: l=7 j=1 p(A=2|j)= 0.5600 p(A=1|j)= 0.4400 M:cl3: l=7 j=2 p(A=2|j)= 0.7120 p(A=1|j)= 0.2880 M:cl3: l=7 j=3 p(A=2|j)= 0.2350 p(A=1|j)= 0.7650 M:cl3: l=8 j=1 p(A=1|j)= 0.4937 p(A=2|j)= 0.5063 M:cl3: l=8 j=2 p(A=1|j)= 0.2854 p(A=2|j)= 0.7146 M:cl3: l=8 j=3 p(A=1|j)= 0.7350 p(A=2|j)= 0.2650 M:cl3: l=9 j=1 p(A=2|j)= 0.4494 p(A=1|j)= 0.5506 M:cl3: l=9 j=2 p(A=2|j)= 0.6712 p(A=1|j)= 0.3288 M:cl3: l=9 j=3 p(A=2|j)= 0.3250 p(A=1|j)= 0.6750 M:cl3: l=10 j=1 p(A=2|j)= 0.4893 p(A=1|j)= 0.5107 M:cl3: l=10 j=2 p(A=2|j)= 0.6966 p(A=1|j)= 0.3034 M:cl3: l=10 j=3 p(A=2|j)= 0.2550 p(A=1|j)= 0.7450 M:cl3: l=11 j=1 p(A=1|j)= 0.4558 p(A=2|j)= 0.5442 M:cl3: l=11 j=2 p(A=1|j)= 0.3464 p(A=2|j)= 0.6536 M:cl3: l=11 j=3 p(A=1|j)= 0.6900 p(A=2|j)= 0.3100 M:cl3: l=12 j=1 p(A=2|j)= 0.4708 p(A=1|j)= 0.5292 M:cl3: l=12 j=2 p(A=2|j)= 0.7094 p(A=1|j)= 0.2906 M:cl3: l=12 j=3 p(A=2|j)= 0.2900 p(A=1|j)= 0.7100 M:cl3: l=13 j=1 p(A=2|j)= 0.4362 p(A=1|j)= 0.5638 M:cl3: l=13 j=2 p(A=2|j)= 0.6790 p(A=1|j)= 0.3210 M:cl3: l=13 j=3 p(A=2|j)= 0.2850 p(A=1|j)= 0.7150 M:cl3: l=14 j=1 p(A=2|j)= 0.5261 p(A=1|j)= 0.4739 M:cl3: l=14 j=2 p(A=2|j)= 0.7004 p(A=1|j)= 0.2996 M:cl3: l=14 j=3 p(A=2|j)= 0.2750 p(A=1|j)= 0.7250 M:cl3: l=15 j=1 p(A=2|j)= 0.4500 p(A=1|j)= 0.5500 M:cl3: l=15 j=2 p(A=2|j)= 0.7344 p(A=1|j)= 0.2656 M:cl3: l=15 j=3 p(A=2|j)= 0.2450 p(A=1|j)= 0.7550 M:cl3: l=16 j=1 p(A=1|j)= 0.5546 p(A=2|j)= 0.4454 M:cl3: l=16 j=2 p(A=1|j)= 0.2857 p(A=2|j)= 0.7143 M:cl3: l=16 j=3 p(A=1|j)= 0.7250 p(A=2|j)= 0.2750 M:cl3: l=17 j=1 p(A=2|j)= 0.4426 p(A=1|j)= 0.5574 M:cl3: l=17 j=2 p(A=2|j)= 0.7316 p(A=1|j)= 0.2684 M:cl3: l=17 j=3 p(A=2|j)= 0.3050 p(A=1|j)= 0.6950 M:cl3: l=18 j=1 p(A=2|j)= 0.4451 p(A=1|j)= 0.5549 M:cl3: l=18 j=2 p(A=2|j)= 0.7439 p(A=1|j)= 0.2561 M:cl3: l=18 j=3 p(A=2|j)= 0.2900 p(A=1|j)= 0.7100 M:cl3: l=19 j=1 p(A=1|j)= 0.5508 p(A=2|j)= 0.4492 M:cl3: l=19 j=2 p(A=1|j)= 0.2256 p(A=2|j)= 0.7744 M:cl3: l=19 j=3 p(A=1|j)= 0.7300 p(A=2|j)= 0.2700 M:cl3: l=20 j=1 p(A=2|j)= 0.5045 p(A=1|j)= 0.4955 M:cl3: l=20 j=2 p(A=2|j)= 0.7016 p(A=1|j)= 0.2984 M:cl3: l=20 j=3 p(A=2|j)= 0.3150 p(A=1|j)= 0.6850 M:cl3: l=21 j=1 p(A=1|j)= 0.4574 p(A=2|j)= 0.5426 M:cl3: l=21 j=2 p(A=1|j)= 0.2565 p(A=2|j)= 0.7435 M:cl3: l=21 j=3 p(A=1|j)= 0.7201 p(A=2|j)= 0.2799 M:cl3: l=22 j=1 p(A=2|j)= 0.4898 p(A=1|j)= 0.5102 M:cl3: l=22 j=2 p(A=2|j)= 0.7402 p(A=1|j)= 0.2598 M:cl3: l=22 j=3 p(A=2|j)= 0.2850 p(A=1|j)= 0.7150 M:cl3: l=23 j=1 p(A=2|j)= 0.5205 p(A=1|j)= 0.4795 M:cl3: l=23 j=2 p(A=2|j)= 0.7303 p(A=1|j)= 0.2697 M:cl3: l=23 j=3 p(A=2|j)= 0.3100 p(A=1|j)= 0.6900 M:cl3: l=24 j=1 p(A=2|j)= 0.5037 p(A=1|j)= 0.4963 M:cl3: l=24 j=2 p(A=2|j)= 0.7563 p(A=1|j)= 0.2437 M:cl3: l=24 j=3 p(A=2|j)= 0.2950 p(A=1|j)= 0.7050 M:cl3: l=25 j=1 p(A=2|j)= 0.5137 p(A=1|j)= 0.4863 M:cl3: l=25 j=2 p(A=2|j)= 0.6535 p(A=1|j)= 0.3465 M:cl3: l=25 j=3 p(A=2|j)= 0.3000 p(A=1|j)= 0.7000 M:cl3: l=26 j=1 p(A=1|j)= 0.6909 p(A=2|j)= 0.3091 M:cl3: l=26 j=2 p(A=1|j)= 0.5225 p(A=2|j)= 0.4775 M:cl3: l=26 j=3 p(A=1|j)= 0.3350 p(A=2|j)= 0.6650 M:cl3: l=27 j=1 p(A=1|j)= 0.6843 p(A=2|j)= 0.3157 M:cl3: l=27 j=2 p(A=1|j)= 0.5680 p(A=2|j)= 0.4320 M:cl3: l=27 j=3 p(A=1|j)= 0.3350 p(A=2|j)= 0.6650 M:cl3: l=28 j=1 p(A=2|j)= 0.3117 p(A=1|j)= 0.6883 M:cl3: l=28 j=2 p(A=2|j)= 0.4898 p(A=1|j)= 0.5102 M:cl3: l=28 j=3 p(A=2|j)= 0.7500 p(A=1|j)= 0.2500 M:cl3: l=29 j=1 p(A=2|j)= 0.2105 p(A=1|j)= 0.7895 M:cl3: l=29 j=2 p(A=2|j)= 0.5674 p(A=1|j)= 0.4326 M:cl3: l=29 j=3 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl3: l=30 j=1 p(A=1|j)= 0.7015 p(A=2|j)= 0.2985 M:cl3: l=30 j=2 p(A=1|j)= 0.5563 p(A=2|j)= 0.4437 M:cl3: l=30 j=3 p(A=1|j)= 0.2600 p(A=2|j)= 0.7400 M:cl3: l=31 j=1 p(A=2|j)= 0.2912 p(A=1|j)= 0.7088 M:cl3: l=31 j=2 p(A=2|j)= 0.4948 p(A=1|j)= 0.5052 M:cl3: l=31 j=3 p(A=2|j)= 0.7150 p(A=1|j)= 0.2850 M:cl3: l=32 j=1 p(A=1|j)= 0.6839 p(A=2|j)= 0.3161 M:cl3: l=32 j=2 p(A=1|j)= 0.5978 p(A=2|j)= 0.4022 M:cl3: l=32 j=3 p(A=1|j)= 0.2650 p(A=2|j)= 0.7350 M:cl3: l=33 j=1 p(A=1|j)= 0.6447 p(A=2|j)= 0.3553 M:cl3: l=33 j=2 p(A=1|j)= 0.4835 p(A=2|j)= 0.5165 M:cl3: l=33 j=3 p(A=1|j)= 0.3800 p(A=2|j)= 0.6200 M:cl3: l=34 j=1 p(A=2|j)= 0.3071 p(A=1|j)= 0.6929 M:cl3: l=34 j=2 p(A=2|j)= 0.5334 p(A=1|j)= 0.4666 M:cl3: l=34 j=3 p(A=2|j)= 0.7300 p(A=1|j)= 0.2700 M:cl3: l=35 j=1 p(A=2|j)= 0.2899 p(A=1|j)= 0.7101 M:cl3: l=35 j=2 p(A=2|j)= 0.4568 p(A=1|j)= 0.5432 M:cl3: l=35 j=3 p(A=2|j)= 0.7550 p(A=1|j)= 0.2450 M:cl3: l=36 j=1 p(A=2|j)= 0.3279 p(A=1|j)= 0.6721 M:cl3: l=36 j=2 p(A=2|j)= 0.5625 p(A=1|j)= 0.4375 M:cl3: l=36 j=3 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl3: l=37 j=1 p(A=2|j)= 0.2985 p(A=1|j)= 0.7015 M:cl3: l=37 j=2 p(A=2|j)= 0.4731 p(A=1|j)= 0.5269 M:cl3: l=37 j=3 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl3: l=38 j=1 p(A=2|j)= 0.3540 p(A=1|j)= 0.6460 M:cl3: l=38 j=2 p(A=2|j)= 0.5520 p(A=1|j)= 0.4480 M:cl3: l=38 j=3 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl3: l=39 j=1 p(A=2|j)= 0.3010 p(A=1|j)= 0.6990 M:cl3: l=39 j=2 p(A=2|j)= 0.5246 p(A=1|j)= 0.4754 M:cl3: l=39 j=3 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl3: l=40 j=1 p(A=2|j)= 0.3222 p(A=1|j)= 0.6778 M:cl3: l=40 j=2 p(A=2|j)= 0.5287 p(A=1|j)= 0.4713 M:cl3: l=40 j=3 p(A=2|j)= 0.7200 p(A=1|j)= 0.2800 M:cl3: l=41 j=1 p(A=1|j)= 0.6835 p(A=2|j)= 0.3165 M:cl3: l=41 j=2 p(A=1|j)= 0.4708 p(A=2|j)= 0.5292 M:cl3: l=41 j=3 p(A=1|j)= 0.3650 p(A=2|j)= 0.6350 M:cl3: l=42 j=1 p(A=1|j)= 0.7038 p(A=2|j)= 0.2962 M:cl3: l=42 j=2 p(A=1|j)= 0.5002 p(A=2|j)= 0.4998 M:cl3: l=42 j=3 p(A=1|j)= 0.2950 p(A=2|j)= 0.7050 M:cl3: l=43 j=1 p(A=2|j)= 0.3103 p(A=1|j)= 0.6897 M:cl3: l=43 j=2 p(A=2|j)= 0.5157 p(A=1|j)= 0.4843 M:cl3: l=43 j=3 p(A=2|j)= 0.7450 p(A=1|j)= 0.2550 M:cl3: l=44 j=1 p(A=2|j)= 0.2965 p(A=1|j)= 0.7035 M:cl3: l=44 j=2 p(A=2|j)= 0.4946 p(A=1|j)= 0.5054 M:cl3: l=44 j=3 p(A=2|j)= 0.7150 p(A=1|j)= 0.2850 M:cl3: l=45 j=1 p(A=2|j)= 0.3177 p(A=1|j)= 0.6823 M:cl3: l=45 j=2 p(A=2|j)= 0.4987 p(A=1|j)= 0.5013 M:cl3: l=45 j=3 p(A=2|j)= 0.6800 p(A=1|j)= 0.3200 M:cl3: l=46 j=1 p(A=2|j)= 0.3551 p(A=1|j)= 0.6449 M:cl3: l=46 j=2 p(A=2|j)= 0.5265 p(A=1|j)= 0.4735 M:cl3: l=46 j=3 p(A=2|j)= 0.6850 p(A=1|j)= 0.3150 M:cl3: l=47 j=1 p(A=2|j)= 0.3088 p(A=1|j)= 0.6912 M:cl3: l=47 j=2 p(A=2|j)= 0.5269 p(A=1|j)= 0.4731 M:cl3: l=47 j=3 p(A=2|j)= 0.6750 p(A=1|j)= 0.3250 M:cl3: l=48 j=1 p(A=2|j)= 0.2629 p(A=1|j)= 0.7371 M:cl3: l=48 j=2 p(A=2|j)= 0.5073 p(A=1|j)= 0.4927 M:cl3: l=48 j=3 p(A=2|j)= 0.7550 p(A=1|j)= 0.2450 M:cl3: l=49 j=1 p(A=1|j)= 0.6962 p(A=2|j)= 0.3038 M:cl3: l=49 j=2 p(A=1|j)= 0.4977 p(A=2|j)= 0.5023 M:cl3: l=49 j=3 p(A=1|j)= 0.3250 p(A=2|j)= 0.6750 M:cl3: l=50 j=1 p(A=2|j)= 0.2722 p(A=1|j)= 0.7278 M:cl3: l=50 j=2 p(A=2|j)= 0.5474 p(A=1|j)= 0.4526 M:cl3: l=50 j=3 p(A=2|j)= 0.7500 p(A=1|j)= 0.2500 D:cl3: Inter-class Nei genetic distance matrix D:cl3: 1 2 3 D:cl3: 1 0.0000 0.0875 0.2005 D:cl3: 2 0.0875 0.0000 0.2165 D:cl3: 3 0.2005 0.2165 0.0000 ++ L-POP Version 1.2 -- Shaun Purcell & Pak Sham -- Nov. 2001 ++ O:cl4: Parameter details O:cl4: title = Workshop population stratification example O:cl4: datafile = dnull.ped O:cl4: datafile format = L-POP O:cl4: number of individuals = 300 O:cl4: number of loci = 50 O:cl4: max number of alleles = 5 O:cl4: missing allele value = -9 O:cl4: X chromosome value = -1 O:cl4: number of phenotypes = 9 O:cl4: organism type = Diploid O:cl4: fix-to-class = OFF O:cl4: number of pure classes = 4 O:cl4: number of admix1 classes = 0 O:cl4: admix1 level = 1 O:cl4: number of admix2 classes = 0 O:cl4: total number of classes = 4 O:cl4: group individuals = OFF O:cl4: number of E-M repeats = 10 O:cl4: E-M tolerance = 0.0001 O:cl4: verbosity level 1 = OFF O:cl4: verbosity level 2 = ON O:cl4: verbosity level 3 = OFF O:cl4: output tag = cl4 O:cl4: random number seed = 0 X:cl4: Cls(N) Type P1 P2 P3 P4 C:cl4: 1 Pure 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 C:cl4: 2 Pure 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 C:cl4: 3 Pure 0.0000 0.0000 1.0000 0.0000 C:cl4: 4 Pure 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 k:cl4: Information about repeat E-M convergence k:cl4: 4 61 29330.8308 P(C=1)=0.0969 P(C=2)=0.3231 P(C=3)=0.2467 P(C=4)=0.3333 k:cl4: 4 15 29344.6916 P(C=1)=0.0200 P(C=2)=0.3333 P(C=3)=0.3385 P(C=4)=0.3082 k:cl4: 4 15 29342.6467 P(C=1)=0.3133 P(C=2)=0.3269 P(C=3)=0.0267 P(C=4)=0.3331 k:cl4: 4 49 29329.8527 P(C=1)=0.0837 P(C=2)=0.3333 P(C=3)=0.2600 P(C=4)=0.3230 k:cl4: 4 43 29322.0447 P(C=1)=0.2349 P(C=2)=0.3403 P(C=3)=0.0915 P(C=4)=0.3333 k:cl4: 4 146 29323.6102 P(C=1)=0.1916 P(C=2)=0.1470 P(C=3)=0.3333 P(C=4)=0.3281 k:cl4: 4 15 29340.4104 P(C=1)=0.0166 P(C=2)=0.3401 P(C=3)=0.3333 P(C=4)=0.3100 k:cl4: 4 40 29326.2529 P(C=1)=0.2760 P(C=2)=0.3399 P(C=3)=0.0574 P(C=4)=0.3268 k:cl4: 4 53 29331.3246 P(C=1)=0.3333 P(C=2)=0.1310 P(C=3)=0.3236 P(C=4)=0.2121 k:cl4: 4 35 29332.3087 P(C=1)=0.3267 P(C=2)=0.2157 P(C=3)=0.1177 P(C=4)=0.3399 X:cl4: Fit statistics K:cl4: ML 29322.0447 K:cl4: N(P) 203 K:cl4: AIC 29728.0447 K:cl4: iter 43 X:cl4: Prior latent class probabilities P(C) P:cl4: 1 0.2349 P:cl4: 2 0.3403 P:cl4: 3 0.0915 P:cl4: 4 0.3333 X:cl4: Posterior class probabilities P(C|R) X:cl4: ID Est(k) h(1|R) h(2|R) h(3|R) h(4|R) I:cl4: 1 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 2 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 3 2 0.0016 0.9979 0.0005 0.0000 I:cl4: 4 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 5 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 6 2 0.0063 0.9914 0.0024 0.0000 I:cl4: 7 2 0.0000 0.9992 0.0008 0.0000 I:cl4: 8 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 9 2 0.0001 0.9999 0.0000 0.0000 I:cl4: 10 2 0.0009 0.9982 0.0009 0.0000 I:cl4: 11 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 12 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 13 2 0.0001 0.9999 0.0000 0.0000 I:cl4: 14 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 15 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 16 2 0.0134 0.9854 0.0012 0.0000 I:cl4: 17 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 18 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 19 2 0.0006 0.9990 0.0004 0.0000 I:cl4: 20 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 21 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 22 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 23 2 0.0005 0.9995 0.0000 0.0000 I:cl4: 24 2 0.0002 0.9998 0.0001 0.0000 I:cl4: 25 2 0.0019 0.9981 0.0000 0.0000 I:cl4: 26 2 0.0000 0.9967 0.0033 0.0000 I:cl4: 27 2 0.0031 0.9951 0.0018 0.0000 I:cl4: 28 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 29 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 30 2 0.0001 0.9994 0.0005 0.0000 I:cl4: 31 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 32 2 0.0000 0.9990 0.0010 0.0000 I:cl4: 33 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 34 2 0.0003 0.9995 0.0002 0.0000 I:cl4: 35 2 0.0000 0.9991 0.0000 0.0009 I:cl4: 36 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 37 2 0.0004 0.9994 0.0002 0.0000 I:cl4: 38 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 39 2 0.0330 0.9663 0.0007 0.0000 I:cl4: 40 2 0.0003 0.9997 0.0000 0.0000 I:cl4: 41 2 0.0038 0.9962 0.0000 0.0000 I:cl4: 42 2 0.0335 0.9663 0.0002 0.0000 I:cl4: 43 2 0.0008 0.9992 0.0000 0.0000 I:cl4: 44 2 0.0001 0.9998 0.0000 0.0000 I:cl4: 45 2 0.0005 0.9992 0.0003 0.0000 I:cl4: 46 2 0.0016 0.9969 0.0014 0.0000 I:cl4: 47 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 48 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 49 2 0.0547 0.9452 0.0001 0.0000 I:cl4: 50 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 51 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 52 2 0.0001 0.9999 0.0000 0.0000 I:cl4: 53 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 54 2 0.0001 0.9997 0.0001 0.0000 I:cl4: 55 2 0.0036 0.9961 0.0002 0.0000 I:cl4: 56 2 0.0002 0.9998 0.0000 0.0000 I:cl4: 57 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 58 2 0.0001 0.9999 0.0000 0.0000 I:cl4: 59 2 0.2177 0.7813 0.0011 0.0000 I:cl4: 60 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 61 2 0.0000 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl4: 62 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 63 2 0.0000 0.9993 0.0007 0.0000 I:cl4: 64 2 0.0000 0.9999 0.0000 0.0000 I:cl4: 65 2 0.0011 0.9989 0.0000 0.0000 I:cl4: 66 2 0.0041 0.9957 0.0002 0.0000 I:cl4: 67 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 68 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 69 2 0.0060 0.9938 0.0003 0.0000 I:cl4: 70 2 0.0002 0.9997 0.0001 0.0000 I:cl4: 71 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 72 2 0.0003 0.9997 0.0000 0.0000 I:cl4: 73 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 74 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 75 2 0.0000 0.9999 0.0000 0.0000 I:cl4: 76 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 77 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 78 2 0.0003 0.9997 0.0000 0.0000 I:cl4: 79 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 80 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 81 2 0.0000 0.9999 0.0001 0.0000 I:cl4: 82 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 83 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 84 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 85 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 86 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 87 2 0.0001 0.9999 0.0000 0.0000 I:cl4: 88 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 89 2 0.0043 0.9941 0.0016 0.0000 I:cl4: 90 2 0.0140 0.9794 0.0067 0.0000 I:cl4: 91 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 92 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 93 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 94 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 95 2 0.0000 0.9892 0.0108 0.0000 I:cl4: 96 2 0.0340 0.9657 0.0002 0.0000 I:cl4: 97 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 98 1 0.8539 0.1458 0.0000 0.0003 I:cl4: 99 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 100 2 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 101 1 0.9550 0.0000 0.0450 0.0001 I:cl4: 102 3 0.0030 0.0005 0.9965 0.0000 I:cl4: 103 1 0.9880 0.0000 0.0119 0.0000 I:cl4: 104 1 0.7596 0.0000 0.2404 0.0000 I:cl4: 105 1 0.9997 0.0000 0.0003 0.0000 I:cl4: 106 1 0.9953 0.0000 0.0047 0.0000 I:cl4: 107 1 0.9940 0.0000 0.0060 0.0000 I:cl4: 108 1 0.8054 0.0543 0.1403 0.0000 I:cl4: 109 1 0.9891 0.0001 0.0109 0.0000 I:cl4: 110 1 0.9970 0.0000 0.0030 0.0000 I:cl4: 111 1 0.9989 0.0000 0.0011 0.0000 I:cl4: 112 1 0.9966 0.0000 0.0034 0.0000 I:cl4: 113 1 0.9678 0.0004 0.0319 0.0000 I:cl4: 114 1 0.9734 0.0000 0.0266 0.0000 I:cl4: 115 1 0.7706 0.0002 0.2292 0.0000 I:cl4: 116 1 0.9878 0.0102 0.0020 0.0000 I:cl4: 117 3 0.0161 0.0005 0.9834 0.0000 I:cl4: 118 1 0.9995 0.0004 0.0001 0.0000 I:cl4: 119 3 0.0060 0.0001 0.9939 0.0000 I:cl4: 120 1 0.9976 0.0001 0.0024 0.0000 I:cl4: 121 1 0.6725 0.1662 0.1613 0.0000 I:cl4: 122 1 0.9996 0.0001 0.0004 0.0000 I:cl4: 123 1 0.9971 0.0000 0.0029 0.0000 I:cl4: 124 3 0.0316 0.0000 0.9684 0.0000 I:cl4: 125 3 0.0414 0.0000 0.9586 0.0000 I:cl4: 126 3 0.0389 0.0000 0.9611 0.0000 I:cl4: 127 3 0.0050 0.0000 0.9950 0.0000 I:cl4: 128 2 0.1151 0.8843 0.0007 0.0000 I:cl4: 129 1 0.9338 0.0145 0.0517 0.0000 I:cl4: 130 3 0.0604 0.0000 0.9396 0.0000 I:cl4: 131 3 0.0133 0.0000 0.9866 0.0000 I:cl4: 132 1 0.9987 0.0000 0.0013 0.0000 I:cl4: 133 1 0.9949 0.0008 0.0043 0.0000 I:cl4: 134 3 0.0013 0.0001 0.9986 0.0000 I:cl4: 135 1 0.9946 0.0000 0.0054 0.0000 I:cl4: 136 3 0.0090 0.0001 0.9908 0.0000 I:cl4: 137 1 0.9793 0.0000 0.0207 0.0000 I:cl4: 138 3 0.0007 0.0000 0.9992 0.0000 I:cl4: 139 3 0.0002 0.0000 0.9998 0.0000 I:cl4: 140 1 0.9994 0.0001 0.0005 0.0000 I:cl4: 141 1 0.8465 0.0000 0.1535 0.0000 I:cl4: 142 3 0.0894 0.0011 0.9094 0.0000 I:cl4: 143 3 0.1679 0.0000 0.8320 0.0000 I:cl4: 144 1 0.9612 0.0000 0.0387 0.0000 I:cl4: 145 1 0.9957 0.0000 0.0043 0.0000 I:cl4: 146 1 0.9888 0.0048 0.0064 0.0000 I:cl4: 147 1 0.9923 0.0021 0.0056 0.0000 I:cl4: 148 1 0.9947 0.0000 0.0053 0.0000 I:cl4: 149 1 0.9087 0.0000 0.0913 0.0000 I:cl4: 150 1 0.9948 0.0001 0.0051 0.0000 I:cl4: 151 3 0.0237 0.2013 0.7750 0.0000 I:cl4: 152 1 0.9586 0.0000 0.0414 0.0000 I:cl4: 153 3 0.0703 0.0000 0.9297 0.0000 I:cl4: 154 1 0.9945 0.0000 0.0055 0.0000 I:cl4: 155 2 0.0021 0.9767 0.0212 0.0000 I:cl4: 156 2 0.2229 0.7683 0.0088 0.0000 I:cl4: 157 1 0.9829 0.0170 0.0001 0.0000 I:cl4: 158 1 0.9996 0.0000 0.0004 0.0000 I:cl4: 159 1 0.9987 0.0000 0.0013 0.0000 I:cl4: 160 1 0.9613 0.0017 0.0369 0.0000 I:cl4: 161 1 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 162 1 0.9993 0.0001 0.0005 0.0000 I:cl4: 163 1 0.9998 0.0001 0.0001 0.0000 I:cl4: 164 1 0.9994 0.0000 0.0001 0.0005 I:cl4: 165 1 0.9986 0.0000 0.0014 0.0000 I:cl4: 166 3 0.0638 0.0003 0.9359 0.0000 I:cl4: 167 3 0.0021 0.0000 0.9979 0.0000 I:cl4: 168 3 0.0014 0.0006 0.9980 0.0000 I:cl4: 169 1 0.9729 0.0000 0.0271 0.0000 I:cl4: 170 1 0.9963 0.0000 0.0037 0.0000 I:cl4: 171 1 0.9998 0.0000 0.0002 0.0000 I:cl4: 172 1 0.9996 0.0000 0.0004 0.0000 I:cl4: 173 1 0.9849 0.0116 0.0035 0.0000 I:cl4: 174 3 0.0103 0.0001 0.9896 0.0000 I:cl4: 175 3 0.0774 0.0023 0.9204 0.0000 I:cl4: 176 1 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 177 3 0.0468 0.0000 0.9532 0.0000 I:cl4: 178 1 0.9969 0.0000 0.0031 0.0000 I:cl4: 179 1 0.9983 0.0000 0.0017 0.0000 I:cl4: 180 1 0.9956 0.0001 0.0043 0.0000 I:cl4: 181 1 0.9960 0.0000 0.0040 0.0000 I:cl4: 182 1 0.9993 0.0001 0.0005 0.0000 I:cl4: 183 1 0.9702 0.0253 0.0045 0.0000 I:cl4: 184 1 0.9999 0.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 185 1 0.9998 0.0000 0.0002 0.0000 I:cl4: 186 1 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 I:cl4: 187 1 0.9990 0.0000 0.0010 0.0000 I:cl4: 188 1 0.9759 0.0209 0.0033 0.0000 I:cl4: 189 1 0.9980 0.0007 0.0003 0.0010 I:cl4: 190 3 0.0108 0.0005 0.9887 0.0000 I:cl4: 191 1 0.9918 0.0006 0.0076 0.0000 I:cl4: 192 1 0.9128 0.0506 0.0365 0.0000 I:cl4: 193 1 0.9950 0.0004 0.0047 0.0000 I:cl4: 194 3 0.1230 0.0020 0.8750 0.0000 I:cl4: 195 1 0.9681 0.0000 0.0319 0.0000 I:cl4: 196 3 0.0306 0.0002 0.9693 0.0000 I:cl4: 197 1 0.9942 0.0000 0.0058 0.0000 I:cl4: 198 1 0.9980 0.0006 0.0014 0.0000 I:cl4: 199 3 0.0300 0.0017 0.9683 0.0000 I:cl4: 200 1 0.7997 0.1963 0.0040 0.0000 I:cl4: 201 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 202 4 0.0003 0.0000 0.0000 0.9997 I:cl4: 203 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 204 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 205 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 206 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 207 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 208 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 209 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 210 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 211 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 212 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 213 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 214 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 215 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 216 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 217 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 218 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 219 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 220 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 221 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 222 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 223 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 224 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 225 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 226 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 227 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 228 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 229 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 230 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 231 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 232 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 233 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 234 4 0.0042 0.0000 0.0000 0.9957 I:cl4: 235 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 236 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 237 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 238 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 239 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 240 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 241 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 242 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 243 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 244 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 245 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 246 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 247 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 248 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 249 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 250 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 251 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 252 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 253 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 254 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 255 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 256 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 257 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 258 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 259 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 260 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 261 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 262 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 263 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 264 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 265 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 266 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 267 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 268 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 269 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 270 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 271 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 272 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 273 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 274 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 275 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 276 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 277 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 278 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 279 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 280 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 281 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 282 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 283 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 284 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 285 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 286 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 287 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 288 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 289 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 290 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 291 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 292 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 293 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 294 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 295 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 296 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 297 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 298 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 299 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 I:cl4: 300 4 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 X:cl4: Class-specific allele frequencies P(R|C) M:cl4: l=1 j=1 p(A=2|j)= 0.4612 p(A=1|j)= 0.5388 M:cl4: l=1 j=2 p(A=2|j)= 0.6678 p(A=1|j)= 0.3322 M:cl4: l=1 j=3 p(A=2|j)= 0.6133 p(A=1|j)= 0.3867 M:cl4: l=1 j=4 p(A=2|j)= 0.2400 p(A=1|j)= 0.7600 M:cl4: l=2 j=1 p(A=2|j)= 0.5129 p(A=1|j)= 0.4871 M:cl4: l=2 j=2 p(A=2|j)= 0.6857 p(A=1|j)= 0.3143 M:cl4: l=2 j=3 p(A=2|j)= 0.5232 p(A=1|j)= 0.4768 M:cl4: l=2 j=4 p(A=2|j)= 0.2950 p(A=1|j)= 0.7050 M:cl4: l=3 j=1 p(A=2|j)= 0.4486 p(A=1|j)= 0.5514 M:cl4: l=3 j=2 p(A=2|j)= 0.6837 p(A=1|j)= 0.3163 M:cl4: l=3 j=3 p(A=2|j)= 0.6412 p(A=1|j)= 0.3588 M:cl4: l=3 j=4 p(A=2|j)= 0.3050 p(A=1|j)= 0.6950 M:cl4: l=4 j=1 p(A=2|j)= 0.3474 p(A=1|j)= 0.6526 M:cl4: l=4 j=2 p(A=2|j)= 0.7144 p(A=1|j)= 0.2856 M:cl4: l=4 j=3 p(A=2|j)= 0.6225 p(A=1|j)= 0.3775 M:cl4: l=4 j=4 p(A=2|j)= 0.2550 p(A=1|j)= 0.7450 M:cl4: l=5 j=1 p(A=1|j)= 0.5139 p(A=2|j)= 0.4861 M:cl4: l=5 j=2 p(A=1|j)= 0.3103 p(A=2|j)= 0.6897 M:cl4: l=5 j=3 p(A=1|j)= 0.2954 p(A=2|j)= 0.7046 M:cl4: l=5 j=4 p(A=1|j)= 0.6600 p(A=2|j)= 0.3400 M:cl4: l=6 j=1 p(A=1|j)= 0.4451 p(A=2|j)= 0.5549 M:cl4: l=6 j=2 p(A=1|j)= 0.3011 p(A=2|j)= 0.6989 M:cl4: l=6 j=3 p(A=1|j)= 0.3787 p(A=2|j)= 0.6213 M:cl4: l=6 j=4 p(A=1|j)= 0.6200 p(A=2|j)= 0.3800 M:cl4: l=7 j=1 p(A=2|j)= 0.5346 p(A=1|j)= 0.4654 M:cl4: l=7 j=2 p(A=2|j)= 0.7122 p(A=1|j)= 0.2878 M:cl4: l=7 j=3 p(A=2|j)= 0.6237 p(A=1|j)= 0.3763 M:cl4: l=7 j=4 p(A=2|j)= 0.2350 p(A=1|j)= 0.7650 M:cl4: l=8 j=1 p(A=1|j)= 0.4461 p(A=2|j)= 0.5539 M:cl4: l=8 j=2 p(A=1|j)= 0.2858 p(A=2|j)= 0.7142 M:cl4: l=8 j=3 p(A=1|j)= 0.6156 p(A=2|j)= 0.3844 M:cl4: l=8 j=4 p(A=1|j)= 0.7350 p(A=2|j)= 0.2650 M:cl4: l=9 j=1 p(A=2|j)= 0.4396 p(A=1|j)= 0.5604 M:cl4: l=9 j=2 p(A=2|j)= 0.6711 p(A=1|j)= 0.3289 M:cl4: l=9 j=3 p(A=2|j)= 0.4741 p(A=1|j)= 0.5259 M:cl4: l=9 j=4 p(A=2|j)= 0.3250 p(A=1|j)= 0.6750 M:cl4: l=10 j=1 p(A=2|j)= 0.4421 p(A=1|j)= 0.5579 M:cl4: l=10 j=2 p(A=2|j)= 0.6977 p(A=1|j)= 0.3023 M:cl4: l=10 j=3 p(A=2|j)= 0.6058 p(A=1|j)= 0.3942 M:cl4: l=10 j=4 p(A=2|j)= 0.2550 p(A=1|j)= 0.7450 M:cl4: l=11 j=1 p(A=1|j)= 0.4110 p(A=2|j)= 0.5890 M:cl4: l=11 j=2 p(A=1|j)= 0.3450 p(A=2|j)= 0.6550 M:cl4: l=11 j=3 p(A=1|j)= 0.5765 p(A=2|j)= 0.4235 M:cl4: l=11 j=4 p(A=1|j)= 0.6900 p(A=2|j)= 0.3100 M:cl4: l=12 j=1 p(A=2|j)= 0.4372 p(A=1|j)= 0.5628 M:cl4: l=12 j=2 p(A=2|j)= 0.7099 p(A=1|j)= 0.2901 M:cl4: l=12 j=3 p(A=2|j)= 0.5546 p(A=1|j)= 0.4454 M:cl4: l=12 j=4 p(A=2|j)= 0.2900 p(A=1|j)= 0.7100 M:cl4: l=13 j=1 p(A=2|j)= 0.3489 p(A=1|j)= 0.6511 M:cl4: l=13 j=2 p(A=2|j)= 0.6797 p(A=1|j)= 0.3203 M:cl4: l=13 j=3 p(A=2|j)= 0.6568 p(A=1|j)= 0.3432 M:cl4: l=13 j=4 p(A=2|j)= 0.2850 p(A=1|j)= 0.7150 M:cl4: l=14 j=1 p(A=2|j)= 0.4629 p(A=1|j)= 0.5371 M:cl4: l=14 j=2 p(A=2|j)= 0.7001 p(A=1|j)= 0.2999 M:cl4: l=14 j=3 p(A=2|j)= 0.6890 p(A=1|j)= 0.3110 M:cl4: l=14 j=4 p(A=2|j)= 0.2750 p(A=1|j)= 0.7250 M:cl4: l=15 j=1 p(A=2|j)= 0.4622 p(A=1|j)= 0.5378 M:cl4: l=15 j=2 p(A=2|j)= 0.7367 p(A=1|j)= 0.2633 M:cl4: l=15 j=3 p(A=2|j)= 0.4089 p(A=1|j)= 0.5911 M:cl4: l=15 j=4 p(A=2|j)= 0.2450 p(A=1|j)= 0.7550 M:cl4: l=16 j=1 p(A=1|j)= 0.5979 p(A=2|j)= 0.4021 M:cl4: l=16 j=2 p(A=1|j)= 0.2860 p(A=2|j)= 0.7140 M:cl4: l=16 j=3 p(A=1|j)= 0.4435 p(A=2|j)= 0.5565 M:cl4: l=16 j=4 p(A=1|j)= 0.7250 p(A=2|j)= 0.2750 M:cl4: l=17 j=1 p(A=2|j)= 0.4264 p(A=1|j)= 0.5736 M:cl4: l=17 j=2 p(A=2|j)= 0.7336 p(A=1|j)= 0.2664 M:cl4: l=17 j=3 p(A=2|j)= 0.4761 p(A=1|j)= 0.5239 M:cl4: l=17 j=4 p(A=2|j)= 0.3050 p(A=1|j)= 0.6950 M:cl4: l=18 j=1 p(A=2|j)= 0.4594 p(A=1|j)= 0.5406 M:cl4: l=18 j=2 p(A=2|j)= 0.7437 p(A=1|j)= 0.2563 M:cl4: l=18 j=3 p(A=2|j)= 0.4081 p(A=1|j)= 0.5919 M:cl4: l=18 j=4 p(A=2|j)= 0.2900 p(A=1|j)= 0.7100 M:cl4: l=19 j=1 p(A=1|j)= 0.6005 p(A=2|j)= 0.3995 M:cl4: l=19 j=2 p(A=1|j)= 0.2239 p(A=2|j)= 0.7761 M:cl4: l=19 j=3 p(A=1|j)= 0.4308 p(A=2|j)= 0.5692 M:cl4: l=19 j=4 p(A=1|j)= 0.7300 p(A=2|j)= 0.2700 M:cl4: l=20 j=1 p(A=2|j)= 0.4853 p(A=1|j)= 0.5147 M:cl4: l=20 j=2 p(A=2|j)= 0.7003 p(A=1|j)= 0.2997 M:cl4: l=20 j=3 p(A=2|j)= 0.5579 p(A=1|j)= 0.4421 M:cl4: l=20 j=4 p(A=2|j)= 0.3150 p(A=1|j)= 0.6850 M:cl4: l=21 j=1 p(A=1|j)= 0.4858 p(A=2|j)= 0.5142 M:cl4: l=21 j=2 p(A=1|j)= 0.2552 p(A=2|j)= 0.7448 M:cl4: l=21 j=3 p(A=1|j)= 0.3900 p(A=2|j)= 0.6100 M:cl4: l=21 j=4 p(A=1|j)= 0.7200 p(A=2|j)= 0.2800 M:cl4: l=22 j=1 p(A=2|j)= 0.5284 p(A=1|j)= 0.4716 M:cl4: l=22 j=2 p(A=2|j)= 0.7417 p(A=1|j)= 0.2583 M:cl4: l=22 j=3 p(A=2|j)= 0.3844 p(A=1|j)= 0.6156 M:cl4: l=22 j=4 p(A=2|j)= 0.2850 p(A=1|j)= 0.7150 M:cl4: l=23 j=1 p(A=2|j)= 0.5030 p(A=1|j)= 0.4970 M:cl4: l=23 j=2 p(A=2|j)= 0.7296 p(A=1|j)= 0.2704 M:cl4: l=23 j=3 p(A=2|j)= 0.5675 p(A=1|j)= 0.4325 M:cl4: l=23 j=4 p(A=2|j)= 0.3100 p(A=1|j)= 0.6900 M:cl4: l=24 j=1 p(A=2|j)= 0.5413 p(A=1|j)= 0.4587 M:cl4: l=24 j=2 p(A=2|j)= 0.7552 p(A=1|j)= 0.2448 M:cl4: l=24 j=3 p(A=2|j)= 0.4104 p(A=1|j)= 0.5896 M:cl4: l=24 j=4 p(A=2|j)= 0.2950 p(A=1|j)= 0.7050 M:cl4: l=25 j=1 p(A=2|j)= 0.5693 p(A=1|j)= 0.4307 M:cl4: l=25 j=2 p(A=2|j)= 0.6555 p(A=1|j)= 0.3445 M:cl4: l=25 j=3 p(A=2|j)= 0.3632 p(A=1|j)= 0.6368 M:cl4: l=25 j=4 p(A=2|j)= 0.3000 p(A=1|j)= 0.7000 M:cl4: l=26 j=1 p(A=1|j)= 0.6314 p(A=2|j)= 0.3686 M:cl4: l=26 j=2 p(A=1|j)= 0.5250 p(A=2|j)= 0.4750 M:cl4: l=26 j=3 p(A=1|j)= 0.8349 p(A=2|j)= 0.1651 M:cl4: l=26 j=4 p(A=1|j)= 0.3350 p(A=2|j)= 0.6650 M:cl4: l=27 j=1 p(A=1|j)= 0.6737 p(A=2|j)= 0.3263 M:cl4: l=27 j=2 p(A=1|j)= 0.5670 p(A=2|j)= 0.4330 M:cl4: l=27 j=3 p(A=1|j)= 0.7159 p(A=2|j)= 0.2841 M:cl4: l=27 j=4 p(A=1|j)= 0.3350 p(A=2|j)= 0.6650 M:cl4: l=28 j=1 p(A=2|j)= 0.2958 p(A=1|j)= 0.7042 M:cl4: l=28 j=2 p(A=2|j)= 0.4866 p(A=1|j)= 0.5134 M:cl4: l=28 j=3 p(A=2|j)= 0.3637 p(A=1|j)= 0.6363 M:cl4: l=28 j=4 p(A=2|j)= 0.7500 p(A=1|j)= 0.2500 M:cl4: l=29 j=1 p(A=2|j)= 0.2367 p(A=1|j)= 0.7633 M:cl4: l=29 j=2 p(A=2|j)= 0.5675 p(A=1|j)= 0.4325 M:cl4: l=29 j=3 p(A=2|j)= 0.1414 p(A=1|j)= 0.8586 M:cl4: l=29 j=4 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl4: l=30 j=1 p(A=1|j)= 0.7596 p(A=2|j)= 0.2404 M:cl4: l=30 j=2 p(A=1|j)= 0.5580 p(A=2|j)= 0.4420 M:cl4: l=30 j=3 p(A=1|j)= 0.5468 p(A=2|j)= 0.4532 M:cl4: l=30 j=4 p(A=1|j)= 0.2600 p(A=2|j)= 0.7400 M:cl4: l=31 j=1 p(A=2|j)= 0.2828 p(A=1|j)= 0.7172 M:cl4: l=31 j=2 p(A=2|j)= 0.4956 p(A=1|j)= 0.5044 M:cl4: l=31 j=3 p(A=2|j)= 0.3090 p(A=1|j)= 0.6910 M:cl4: l=31 j=4 p(A=2|j)= 0.7150 p(A=1|j)= 0.2850 M:cl4: l=32 j=1 p(A=1|j)= 0.6533 p(A=2|j)= 0.3467 M:cl4: l=32 j=2 p(A=1|j)= 0.5988 p(A=2|j)= 0.4012 M:cl4: l=32 j=3 p(A=1|j)= 0.7592 p(A=2|j)= 0.2408 M:cl4: l=32 j=4 p(A=1|j)= 0.2650 p(A=2|j)= 0.7350 M:cl4: l=33 j=1 p(A=1|j)= 0.6382 p(A=2|j)= 0.3618 M:cl4: l=33 j=2 p(A=1|j)= 0.4818 p(A=2|j)= 0.5182 M:cl4: l=33 j=3 p(A=1|j)= 0.6683 p(A=2|j)= 0.3317 M:cl4: l=33 j=4 p(A=1|j)= 0.3800 p(A=2|j)= 0.6200 M:cl4: l=34 j=1 p(A=2|j)= 0.3548 p(A=1|j)= 0.6452 M:cl4: l=34 j=2 p(A=2|j)= 0.5310 p(A=1|j)= 0.4690 M:cl4: l=34 j=3 p(A=2|j)= 0.1926 p(A=1|j)= 0.8074 M:cl4: l=34 j=4 p(A=2|j)= 0.7300 p(A=1|j)= 0.2700 M:cl4: l=35 j=1 p(A=2|j)= 0.1821 p(A=1|j)= 0.8179 M:cl4: l=35 j=2 p(A=2|j)= 0.4570 p(A=1|j)= 0.5430 M:cl4: l=35 j=3 p(A=2|j)= 0.5656 p(A=1|j)= 0.4344 M:cl4: l=35 j=4 p(A=2|j)= 0.7550 p(A=1|j)= 0.2450 M:cl4: l=36 j=1 p(A=2|j)= 0.3548 p(A=1|j)= 0.6452 M:cl4: l=36 j=2 p(A=2|j)= 0.5640 p(A=1|j)= 0.4360 M:cl4: l=36 j=3 p(A=2|j)= 0.2521 p(A=1|j)= 0.7479 M:cl4: l=36 j=4 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl4: l=37 j=1 p(A=2|j)= 0.2872 p(A=1|j)= 0.7128 M:cl4: l=37 j=2 p(A=2|j)= 0.4714 p(A=1|j)= 0.5286 M:cl4: l=37 j=3 p(A=2|j)= 0.3333 p(A=1|j)= 0.6667 M:cl4: l=37 j=4 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl4: l=38 j=1 p(A=2|j)= 0.3566 p(A=1|j)= 0.6434 M:cl4: l=38 j=2 p(A=2|j)= 0.5530 p(A=1|j)= 0.4470 M:cl4: l=38 j=3 p(A=2|j)= 0.3431 p(A=1|j)= 0.6569 M:cl4: l=38 j=4 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl4: l=39 j=1 p(A=2|j)= 0.3051 p(A=1|j)= 0.6949 M:cl4: l=39 j=2 p(A=2|j)= 0.5236 p(A=1|j)= 0.4764 M:cl4: l=39 j=3 p(A=2|j)= 0.2932 p(A=1|j)= 0.7068 M:cl4: l=39 j=4 p(A=2|j)= 0.7000 p(A=1|j)= 0.3000 M:cl4: l=40 j=1 p(A=2|j)= 0.3029 p(A=1|j)= 0.6971 M:cl4: l=40 j=2 p(A=2|j)= 0.5290 p(A=1|j)= 0.4710 M:cl4: l=40 j=3 p(A=2|j)= 0.3700 p(A=1|j)= 0.6300 M:cl4: l=40 j=4 p(A=2|j)= 0.7200 p(A=1|j)= 0.2800 M:cl4: l=41 j=1 p(A=1|j)= 0.7443 p(A=2|j)= 0.2557 M:cl4: l=41 j=2 p(A=1|j)= 0.4700 p(A=2|j)= 0.5300 M:cl4: l=41 j=3 p(A=1|j)= 0.5307 p(A=2|j)= 0.4693 M:cl4: l=41 j=4 p(A=1|j)= 0.3650 p(A=2|j)= 0.6350 M:cl4: l=42 j=1 p(A=1|j)= 0.6697 p(A=2|j)= 0.3303 M:cl4: l=42 j=2 p(A=1|j)= 0.5028 p(A=2|j)= 0.4972 M:cl4: l=42 j=3 p(A=1|j)= 0.7824 p(A=2|j)= 0.2176 M:cl4: l=42 j=4 p(A=1|j)= 0.2950 p(A=2|j)= 0.7050 M:cl4: l=43 j=1 p(A=2|j)= 0.3386 p(A=1|j)= 0.6614 M:cl4: l=43 j=2 p(A=2|j)= 0.5145 p(A=1|j)= 0.4855 M:cl4: l=43 j=3 p(A=2|j)= 0.2409 p(A=1|j)= 0.7591 M:cl4: l=43 j=4 p(A=2|j)= 0.7450 p(A=1|j)= 0.2550 M:cl4: l=44 j=1 p(A=2|j)= 0.2741 p(A=1|j)= 0.7259 M:cl4: l=44 j=2 p(A=2|j)= 0.4948 p(A=1|j)= 0.5052 M:cl4: l=44 j=3 p(A=2|j)= 0.3523 p(A=1|j)= 0.6477 M:cl4: l=44 j=4 p(A=2|j)= 0.7150 p(A=1|j)= 0.2850 M:cl4: l=45 j=1 p(A=2|j)= 0.3374 p(A=1|j)= 0.6626 M:cl4: l=45 j=2 p(A=2|j)= 0.4973 p(A=1|j)= 0.5027 M:cl4: l=45 j=3 p(A=2|j)= 0.2715 p(A=1|j)= 0.7285 M:cl4: l=45 j=4 p(A=2|j)= 0.6800 p(A=1|j)= 0.3200 M:cl4: l=46 j=1 p(A=2|j)= 0.3855 p(A=1|j)= 0.6145 M:cl4: l=46 j=2 p(A=2|j)= 0.5255 p(A=1|j)= 0.4745 M:cl4: l=46 j=3 p(A=2|j)= 0.2802 p(A=1|j)= 0.7198 M:cl4: l=46 j=4 p(A=2|j)= 0.6850 p(A=1|j)= 0.3150 M:cl4: l=47 j=1 p(A=2|j)= 0.3212 p(A=1|j)= 0.6788 M:cl4: l=47 j=2 p(A=2|j)= 0.5261 p(A=1|j)= 0.4739 M:cl4: l=47 j=3 p(A=2|j)= 0.2791 p(A=1|j)= 0.7209 M:cl4: l=47 j=4 p(A=2|j)= 0.6750 p(A=1|j)= 0.3250 M:cl4: l=48 j=1 p(A=2|j)= 0.3233 p(A=1|j)= 0.6767 M:cl4: l=48 j=2 p(A=2|j)= 0.5086 p(A=1|j)= 0.4914 M:cl4: l=48 j=3 p(A=2|j)= 0.1021 p(A=1|j)= 0.8979 M:cl4: l=48 j=4 p(A=2|j)= 0.7550 p(A=1|j)= 0.2450 M:cl4: l=49 j=1 p(A=1|j)= 0.6432 p(A=2|j)= 0.3568 M:cl4: l=49 j=2 p(A=1|j)= 0.4988 p(A=2|j)= 0.5012 M:cl4: l=49 j=3 p(A=1|j)= 0.8291 p(A=2|j)= 0.1709 M:cl4: l=49 j=4 p(A=1|j)= 0.3250 p(A=2|j)= 0.6750 M:cl4: l=50 j=1 p(A=2|j)= 0.2714 p(A=1|j)= 0.7286 M:cl4: l=50 j=2 p(A=2|j)= 0.5464 p(A=1|j)= 0.4536 M:cl4: l=50 j=3 p(A=2|j)= 0.2767 p(A=1|j)= 0.7233 M:cl4: l=50 j=4 p(A=2|j)= 0.7500 p(A=1|j)= 0.2500 D:cl4: Inter-class Nei genetic distance matrix D:cl4: 1 2 3 4 D:cl4: 1 0.0000 0.0959 0.0395 0.1917 D:cl4: 2 0.0959 0.0000 0.0945 0.2171 D:cl4: 3 0.0395 0.0945 0.0000 0.2497 D:cl4: 4 0.1917 0.2171 0.2497 0.0000